药学院前身为武汉医学院药学系，始建于1971年4月。其师资队伍由原武汉医学院生物学教研室、化学教研室及武昌药检专科学校部分教师组成。1972年开始正式招收药学专业工农兵学员。当时由杨晟教授任系主任，原药检专科学校校长高光达任书记。1974年吕文任副书记，不久张绍武任副书记。

1977年秋季停止招生。

1984年重新恢复招生，当年秋季招收药学专业本科学生40名。药学系恢复后，石朝周教授任系副主任并主持工作，田世雄任系副主任，胡建章任总支书记，1986年刘继芬调任副书记；1989年，胡建章调离，安全出任总支书记，刘继芬继任副书记；1990年田世雄任系副主任并主持工作，吴世玉任副主任，安全任总支书记，高珊任副书记。

1990年下半年撤系建院，组建同济医科大学药学院，由田世雄教授任副院长并主持工作，吴世玉同志任副院长；安全同志任党总支书记，高珊同志任副书记。

1992年由杨先德同志任院长，田世雄、吴世玉同志任副院长；其后由田世雄教授接任院长，吴世玉同志任副院长，安全同志退休后，由李久香任总支书记，高珊任副书记。下半年增补朱景申教授为副院长。1993年李久香调离。

1994年领导班子调整后，由田世雄教授任院长，吴世玉、朱景申、李高任副院长，王为成任总支书记，高珊任副书记。

1997年12月领导班子调整后，由朱景申任院长，李高、阮金兰任副院长，王为成任总支书记，邱成荣任副书记。

2000年5月26日，原华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院和科技部干部管理学院合并，组建成立华中科技大学，药学院更名为华中科技大学同济医学院药学院，任由朱景申教授任院长，李高、阮金兰教授任副院长，王为成同志任党总支书记，邱成荣同志任副书记。

2001年4月，全院中层干部实行聘任制，吴继洲被聘为院长，李高、阮金兰被聘为副院长，王为成任总支书记，邱成荣任副书记。2003年12月，周正航任党总支副书记，邱成荣任调研员。2005年7月，谢正学任党总支书记，王为成任调研员。

2006年9月25日，领导班子换届，李高任院长，阮金兰、陈家春、项光亚任副院长。

2010年11月9日，领导班子换届，李高任院长，陈家春、项光亚、张勇慧、黄昆任副院长。

2014年11月24日，领导班子换届，张勇慧任院长，项光亚、向明、王凯平、万谦任副院长。

2016年1月13日，厉岩任党总支副书记（主持工作）。

2016年6月12日，撤销药学院党总支，设立药学院党委，厉岩任药学院党委副书记（主持工作），周正航同志任药学院党委副书记。

2018年1月15日，厉岩任药学院党委书记。

2019年9月24日，领导班子换届，张勇慧任院长，项光亚、万谦、黄锐任副院长。

2020年11月2日，药学院党委换届，第一届委员会委员厉岩、张勇慧、周正航、项光亚、黄锐、斯陆勤、王小刚，厉岩任党委书记；第一届纪委委员周正航、何炜玮、方进波，周正航任纪委书记。

2022年11月24日，李进任药学院党委副书记、纪委书记。

2023年7月18日，黄锐任药学院党委书记。

2023年12月25日，朱虎成任党委副书记，徐传瑞、曾静、张志平任副院长。