药学院前身为武汉医学院药学系,始建于1971年4月。其师资队伍由原武汉医学院生物学教研室、化学教研室及武昌药检专科学校部分教师组成。1972年开始正式招收药学专业工农兵学员。当时由杨晟教授任系主任,原药检专科学校校长高光达任书记。1974年吕文任副书记,不久张绍武任副书记。
1977年秋季停止招生。
1984年重新恢复招生,当年秋季招收药学专业本科学生40名。药学系恢复后,石朝周教授任系副主任并主持工作,田世雄任系副主任,胡建章任总支书记,1986年刘继芬调任副书记;1989年,胡建章调离,安全出任总支书记,刘继芬继任副书记;1990年田世雄任系副主任并主持工作,吴世玉任副主任,安全任总支书记,高珊任副书记。
1990年下半年撤系建院,组建同济医科大学药学院,由田世雄教授任副院长并主持工作,吴世玉同志任副院长;安全同志任党总支书记,高珊同志任副书记。
1992年由杨先德同志任院长,田世雄、吴世玉同志任副院长;其后由田世雄教授接任院长,吴世玉同志任副院长,安全同志退休后,由李久香任总支书记,高珊任副书记。下半年增补朱景申教授为副院长。1993年李久香调离。
1994年领导班子调整后,由田世雄教授任院长,吴世玉、朱景申、李高任副院长,王为成任总支书记,高珊任副书记。
1997年12月领导班子调整后,由朱景申任院长,李高、阮金兰任副院长,王为成任总支书记,邱成荣任副书记。
2000年5月26日,原华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院和科技部干部管理学院合并,组建成立华中科技大学,药学院更名为华中科技大学同济医学院药学院,任由朱景申教授任院长,李高、阮金兰教授任副院长,王为成同志任党总支书记,邱成荣同志任副书记。
2001年4月,全院中层干部实行聘任制,吴继洲被聘为院长,李高、阮金兰被聘为副院长,王为成任总支书记,邱成荣任副书记。2003年12月,周正航任党总支副书记,邱成荣任调研员。2005年7月,谢正学任党总支书记,王为成任调研员。
2006年9月25日,领导班子换届,李高任院长,阮金兰、陈家春、项光亚任副院长。
2010年11月9日,领导班子换届,李高任院长,陈家春、项光亚、张勇慧、黄昆任副院长。
2014年11月24日,领导班子换届,张勇慧任院长,项光亚、向明、王凯平、万谦任副院长。
2016年1月13日,厉岩任党总支副书记(主持工作)。
2016年6月12日,撤销药学院党总支,设立药学院党委,厉岩任药学院党委副书记(主持工作),周正航同志任药学院党委副书记。
2018年1月15日,厉岩任药学院党委书记。
2019年9月24日,领导班子换届,张勇慧任院长,项光亚、万谦、黄锐任副院长。
2020年11月2日,药学院党委换届,第一届委员会委员厉岩、张勇慧、周正航、项光亚、黄锐、斯陆勤、王小刚,厉岩任党委书记;第一届纪委委员周正航、何炜玮、方进波,周正航任纪委书记。
2022年11月24日,李进任药学院党委副书记、纪委书记。
2023年7月18日,黄锐任药学院党委书记。
2023年12月25日,朱虎成任党委副书记,徐传瑞、曾静、张志平任副院长。
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